长崎也是日本信仰妈祖的主要地区。当地有三座妈祖庙，但都建在佛寺中，一是南京寺(兴福寺)，建于元和六年(1612)。《长崎图志寺像》:“兴福寺在医王山右，古皆吉氏废宅。元和初，欧阳市兴为庄(墅)。明江西人真圆来贡坐事，因削发为僧。元和九年始隐于此。宽求(1624)年间，僧默子募建，傍尊天妃，以便市舶祝祷”。二是漳州寺(福济寺)，建于宽永5年(1611)。由明漳州商人建。三是福州寺(崇福寺)，宽永9年(万历40年)，由明代商人王、何、林、魏等姓建。
    在神户中华会内有天妃宫，该会创于1892年，由清廷驻日公使李廷芳，驻神户大阪领事洪遐昌发起，内设天后宫。
    在九州的五岛，平户也有天妃宫。
    黑田安雄指出:“在日本民族中，信奉妈祖有史可稽的洁浦林家妈祖外，尚有北半岛的大间浦，茨城县北部的矶原，同县中部的那坷凑，萨摩北的坊津”。
    此外，在北海道的青森县也有夭妃庙。
    以上事实说明，妈祖庙在日本分布甚广，而且年代较久，可知妈祖是日本国家比较重要的民间信仰。怎么解释这种现象呢?这是应该深入研究的。
    乍看起来，妈祖庙最初是由华侨和册封使建立的，其实，不少妈祖庙并不是华侨建立的，而是日本文化的一部分，有自己的文化特点，这一点可以从日本民间文学中找到根据。这里先看看流传于日本的妈祖传说:
    有一个传说，叙述有一家人，有姐妹兄弟四人，某一天姐姐在家纺捻丝绸，三个弟弟当船夫，在航海中遇难了。这时姐姐正在织机上，一边打磕睡，一边织绸。旁边的人看见说，要睡觉就睡觉，不睡就织绸。此时她突然“呵”了一声，猛醒过来，说:“我梦见三个弟弟沉没海中，救了两个，正在救小弟弟上船，由于“呵”叫一声，小弟弟又掉在水中淹死了”。
    另一个传说见于伊波普犹《姊妹神之岛》，大意说:“妹妹在梦中大叫，进行挣扎，旁边的妈妈抓住女儿的一只手，把她叫醒，妹妹说:‘很遗憾，父兄在海上遇难了，我把兄救上来了，正在救父亲，但手不能动弹了，没救上来’。过些时候，到中国去的兄回来了，说父在海上遇难死了，与妹妹的梦中所见一样。事后，妹妹没有出嫁，也不见外人，后来让妹夫看见，她移居山洞内，后来被祀为后日神。
    如果将日本与中国的妈祖传说及信仰作一个比较，就会发现两国的有关信仰既有共性，又有一定差异。
    这种共性主要表现在两国都把妈祖奉为司海之神，陪神也供奉千里眼和顺风耳，如野间权观社的西宫供奉为妈祖神女，左有千里眼、顺风耳神像。日本妈祖的祭祀活动也与中国相同，据《琉球国由来记》记载，农历三月二十三日和九月九日是最大的祭祀日期，另外在每月朔望，正月一、五月五、冬至、腊月二十四也要进行供奉，其具体风俗也与莆田祭祀妈祖大同小异。清代琉球贡船到中国，其出发前后的祭祀也与中国的封舟祭祀妈祖相同。但是，日本的居民对妈祖信仰并不是简单的生搬硬套，而是结合日本的故有信仰进行的，如日本民族是以稻作农业著称的，在神社内必供稻神，而有些妈祖就供在稻神社内。日本很早就接受了佛教信仰，普遍信仰佛教，但是对于其他外来宗教却极力排斥，他们普遍将基督教视为“邪教”，不准在日本传播，基于这种历史背景，日本也不专建妈祖庙，而把妈祖供在佛寺中，如长崎的天后宫就是在佛寺内建的。有些日本天后宫建在海边山头上，作为航海的标志。《长崎夜治草》:“从长崎入港的中国船，每当初见此山(野间权观)时，都要烧纸钱，敲金鼓。举行隆重的祭典”。《三国名胜图会》:“野间岳似乎是中国航行船的目标，每岁中国的商船来到长崎时，一定以此岳为航标，沿其航道前进，到达皇国之后，一开始便是开怀畅饮，互祝平安”。野间即妈祖之意，取自山上的妈祖庙，这种以山上妈祖庙为航标的风俗，对日本航船亦然。
    中日妈祖信仰的异同是不奇怪的，因为妈祖毕竟是来自中国，从这种意义上说，两国有基本相同的妈祖信仰，但是，任何外来文化必须与日本本土文化相结合，才能生根、发芽、开花，否则是不能立足的，这种结合就形成了日本信仰妈祖的特殊性和变异性，具有异国的特色。
    第二节妈祖信仰的东渡
    中日两国从很早的古代起就发生了联系，不过，从海上往来是相当危险的。我国东南地区与日本的交往，一般从福州出发，经过鸣笼山、花瓶屿、彭加屿、钓鱼岛、黄尾屿、赤尾屿、姑米岛到达那坝，其间必须经过琉球沟或黑水沟，该地水深达2000米，海浪凶险，常致船翻。高澄曾《琉球国志略》:，’i巨知琉球之行，若是其险哉:盎西南诸国，行不二、三日，即有小港以避风;岂若琉球去闽万里，殊无止宿之地，焉能保其行不遇风，风不为害也哉”。因此，凡是这里的海船，必须祭拜海神。《使琉球录》引陈侃《天妃灵应记》:“飞航万里，风涛巨测;玺书郑重，一行数百人之生，厥系匪轻。爱顺与情，用闽人故事，祷于夭妃之神”。
    在中日交往中，为什么妈祖独树一帜，成为“海上福星”呢?其中有不少社会原因:
    首先，中国日本航海发展的需要。日本为海上民族，自古以来就与海外有一定交往，明代的“楼寇”之患，曾给中国沿海带来很大骚扰，但是日本航海业比较落后，先进的船舶一直仰仗于中国，直到明治维新以后日本的造船和航海业才在东方崛起。因此，在这之前，中国的造船和航海术一直对日本有重大影响，与此相适应，有关海神信仰也深受中国影响。据学者研究:‘旧本东京湾在八世纪时也有像妈祖那样的类似故事，神化后而传播不远，这是一种奇怪的事”。圈上述传说指的女性海神。《长崎夜治草》:“凡死于海中的女尸骸，予以裹硷，然后让其向萨摩(鹿而岛)海边漂流，至岸边将其捞起而葬之于山。之后不久，便要置其灵位，让来往船只对其有所析愿”。这实际是一种人神崇拜，即以亡女为海神，然而这种地方性的海神有相当的局限性，没有传播开来，妈祖所以走运，是与中国古代造船业、航海术和外贸的发展分不开的，并且对东邻日本有重要影响的结果。
    其次是商人、华侨的传播。中国地大物博，人口众多，经济发展，海事活动频繁，特别是宋元以来海上商业往来发展，在亚洲一直处于主导地位，伴随而来的是移民增多，华侨分布很广，王云五等著《南洋华侨》:“海水到处，均有侨民之足迹”。中国侨民和商人很早就抵达日本，他们在异国为了自卫，航海的安全，也把自己的信仰带去了。《流阳》永乐22年