妈祖信仰虽然起源于湄洲，但使湄洲神女第一次得到国家封赐却是 圣墩的顺济庙。不过，在海外学术界一直有妈祖祖庙之争。一祖庙之争-圣墩还是湄洲? 有关妈祖信仰起源地在学术界一直有圣墩说与嵋洲说。消洲是妈祖 信众公认的妈祖信仰起源地，但在学术界，以李献璋为首的口本与台湾 的学者长期坚持圣墩说。圣墩位于莆田县的宁海镇海边，这里是妈祖最早的受封地。李献璋根据宋代黄公度的诗句:"枯木肇灵沧海东"等史料，推测妈祖信仰起源于莆田宁海圣墩庙。.由于李献璋在学术界的巨大影响，早期台湾的妈祖研究专家，大都接受此说。许多人还研究嵋洲妈祖庙是什么时候取代圣墩庙成为祖庙的。但是，当时日本与台湾学者都 未到过莆田，其实，在莆田是找不到圣墩庙的，到莆田若是去问圣墩妈祖庙在什么地方?没有一个人能回答，甚至圣墩在莆田何处?也没有人知道。这一令人尴尬的事实表明，尽管圣墩妈祖庙在历史上威名赫赫，但今日的莆田早已不存在该庙。若圣墩庙是妈祖祖庙，她不可能遭受如此待遇。 另一方面，所有的莆田人都认为妈祖的祖庙是嵋洲妈祖庙，历代香火极盛。所以，湄洲才是妈祖真正的祖庙。其实，湄洲祖庙很早就出现在宋代史料中:
其一，宋代廖鹏飞的《圣墩祖庙重建顺济庙记》说:"姓林氏，湄洲屿人。初，以巫祝为事，能预知人祸福;既段，众为立庙于本屿"；
其二，李俊甫的《莆阳比事》云:"泪洲神女林氏，生而神异，能言人休咎，死，庙食"；
其三，祝穆的《方舆胜览》一书说:"圣妃庙，在海岛上，舟人皆敬事之"；
其四，丁伯桂《顺济圣妃庙记》:"神，莆阳泥洲林氏女，少能言人祸福，残，庙祀之，号通贤神女"。.
其五，元代黄仲元《圣墩顺济祖庙新建蕃厘殿记》说:"旧记，妃族林氏，湄洲故家有祠"。.
以上史实都说明林氏神女出生于湄洲，死后人们为其建庙，所以，湄洲庙才是真正的祖庙。它的地位是其它庙宇不可比拟的。
明代林登名说:"湄洲屿上有天妃宫，天妃，都巡检林愿第六女，母王氏。世居莆之湄洲屿，今宫即其故地也。"林登名为莆田人，他的记载应有民间传说为基础，值得认真对待。如其所云，涓洲妈祖庙原来是妈祖的故 居。他又说:"新安里居民相传，湄洲屿古时盖有天妃化身云。天妃年三十余而升化，其身端坐不坏，里人建庙奉之。'若林登名这一记载可靠，妈祖 应是逝世于家中，因其肉身保存完好，乡亲将其视为奇迹，将其故居改为庙宇祭祀。以上史料还解释了一个疑问，贤良港的林氏家族认为:妈祖出生地是在贤良港，泥洲只是她升天的地方。今灭洲庙的后山上有一石刻-"升天占迹"，为明代和尚照乘所刻。他们认为，既然涓洲庙所在地 是她升天的地方，就不可能是出生地，所以，妈祖出生地是在贤良港。读了林登名的记载后我们知道:妈祖是逝世于家中。她出生于斯，死于斯，其经历和大多数农村妇女一样。死后，人们将其故居改为庙宇。不过，当时农村妇女的住宅应是很小的，《天妃显圣录》记载:"湄屿初建庙宇，甚窄狭。有长者之子善信，居山之西，妃乃托之梦曰:'我庙宇卑隘，为我扩之，当昌尔后'。是夜夫妇协梦，清晨造庙拜答，愿依神命。乃辟地购金，增厥式廓，庙貌启而维新焉。'，.其后，又有来自商人商佩宝的捐献。宋仁宗天圣年间，又有信众为湄洲庙捐献了许多钱，其后，湄洲庙修得十分漂亮。所以，有一些史籍说捐州祖庙建于宋仁宗天圣时。
圣墩妈祖庙。尽管湄洲妈祖庙在妈祖信仰中的地位不可动摇，但宋代的圣墩妈祖庙在妈祖信仰历史上发挥过重要作用，也是不可质疑的。南宋绍兴二十年廖鹏飞写的《圣墩祖庙重建顺济庙记》一文说到圣墩祖庙的女神: "世传通天神女也。姓林氏，泥洲屿人。初，以巫祝为事，能预知人祸福;既残，众为立庙于本屿。圣墩去屿几百里。元佑丙寅(元佑元年，1086年)岁，墩上常有光气夜现，乡人莫知为何祥。有渔者就视，乃枯搓，置其家，翌日自还故处。当夕遍梦墩旁之民曰:'我嵋洲神女，其枯搓实所凭，宜馆我于墩上。'父老异之，因为立庙，号曰圣墩。岁水旱则祷之，病疫降则祷之，海寇盘亘则祷之，其应如响。'
按，廖鹏飞的文章出自莆田涵江区洋尾村《李氏族谱》的第61页，旁注引自《圣妃灵著录》。廖鹏飞这篇文章写于南宋绍兴二十年(1151年)，是目前所知记载妈祖最早的文献。这篇文章为已故的莆田本地学者肖一平最早发现、引用，0但因出自族谱，历代传抄有错简，所以，台湾学者蔡相 烽一度提出质疑。琢磨廖鹏飞的文章，其中确实有一些可疑之处。例如: 廖鹏飞文章中第一句话是:"里有社，通天下祀之，闽人尤崇"。按，南宋初期，妈祖的封号尚为"'崇福夫人"，其信仰圈仅为莆田附近地区，福州是邻近莆田的区域，著名的淳熙《佩山志》'写于南宋中期的淳熙九年(1182年)，《佩山志》中专设"祠庙"卷记载福州庙宇，但其中竟没有妈祖庙，说明 当时福州人信仰妈祖的人不多。福州如此，其它地区就更不用说了。因而， 在廖鹏飞的时代"通天下祀之"是不可能的。。不过，南宋中叶以后，妈祖的封号一路上扬，很快达到灵惠妃的高度，而妈祖信仰也迅速传播到南宋沿海、沿江地区，勉强可说是"通天下祀之"。所以，"里有社，通天下祀之，闽人尤崇"这句话应为南宋后期的事，不应是廖鹏飞的原文。