东岐码头：位于马尾亭江镇东岐村，始建于唐代，宋元明清历代相继沿用。整个码头设在江边岩壁上，按岩石走势在石壁上凿4段台阶共94阶，做工独具匠心，常态下有三分之一是被江水淹没的。古码头曾对福州海上贸易做出巨大贡献。

　　登文道码头：位于长乐市潭头镇，修建于明万历二十年（1592年），是闽江口岸商旅行人水上交通要冲之一，是重要的船舶停靠点和对外通航的一个港口。古代长乐商客出远洋的始发地，郑和船队也曾多次在这个码头出海。

　　石湖码头：泉州古代商贸的重要码头和海防重地，形成于唐代，位于石狮市蚶江镇石湖村。

　　美山码头和文兴码头：沿江的集群商业码头之一，位于泉州丰泽区，形成于1 1世纪。

　　漳州龙海月港：位于龙海海澄镇，申报遗址包括7个码头和1条古街。

　　邢港码头：邢港码头以及古航道向东南经闽安镇注入闽江。唐景福二年(893年)，王潮攻占福州后，在闽安镇设税课司衙门，负责来往福州港对外贸易船只的税收。