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在台湾各地发掘出来的黑陶文化的遗物，明确地告诉我们，先史时代的台湾住民，在文化系统上是和中国大陆住民属于同一源流的。因此，把以后从南洋群岛漂流来迁居在台湾的平埔族或今日的山地同胞，就认为是台湾最早的住民的见解是不正确的。
中国大陆军民对澎湖群岛和台湾本岛的探险，是开始于隋炀帝时代（七世纪），唐以后历经五代和宋，澎湖岛已经定住了很多的大陆移民，所以到了元代末年（1360年），就设置了一个巡检司来治理，从此澎湖就隶属于福建省同安县。宋代的钱币，近几十年来不仅在澎湖县白沙岛出土，也曾在台湾本岛的云林县北港镇发现过。由此事实观之，就连台湾本岛，在宋元时代也有大陆住民来探险。
明代末期，政治紊乱，国内豪族擅权，流寇横行，人民苦不堪言。于是一些不得志于庙堂的英雄、豪杰，就率领徒党渡海到台湾开辟新天地，他们是以此为根据地进行武装海上贸易。其中广东潮州人的林道乾，和台湾的关系最深，他就是在中国大陆南方沿海，以及南洋群岛也很有名的。在今日高雄县的大岗山和高雄市的打狗山（寿山），还埋藏着林道乾的金银财宝，这种传说在台湾南部的民间仍然流传着。
在明末的这种海上的英豪之中，首先对台湾实行集体移民和农业开垦的，当然要算福建漳州澄海人的颜思齐和福建泉州南安人的郑芝龙。颜思齐于明天启二年（1622年）率领党徒占据台湾西岸的笨港，进而就开拓了诸罗山（现在的嘉义市附近）。所谓笨港就是指今天云林县北港镇与嘉义县新港乡之间一带的地方。颜思齐死后，不久霸权就落入郑芝龙手里，凑巧正赶上福建连年饥荒，成千成万的难民拥到台湾，他们大多数住在今天的台南市、高雄市一带，以后又渐渐向北移动，在这些难民当中，也有很多对海上贸易或与平埔族物物交换很有兴趣的人。所以最初他们并不是全部都从事垦耕，可是到了后来，慢慢也有人纳税给平埔族来耕种他们的土地，如此福建移民才打开了开垦台湾本岛的大门。
荷兰人在明天启四年（1624年），派遣舰队占领了今天的台南市，在安平建个热兰遮城，在赤嵌又建个普罗民遮城，他们就以这两座城为根据地统治台湾，直到郑成功克复台湾为止。荷兰人统治台湾达三十八年之久。当时的台湾住民，以平埔族和山地同胞占多数，中国大陆移民居其次，大概有十多万人的样子。荷兰人住下来的人数，他们自称有官民六百名，守兵二千二百名，其实在他们所说的官民之中也包括了相当多数的黑人奴隶。当时台湾的土地所有权都是属于荷兰国王的。这些土地，经过荷兰联邦议会的特许授给东印度公司，公司再以租借的形式租给中国移民，这样的农田就被称为“王田”。他们开拓的地区，东到今天的台南县新化镇，北到今天的云林县北港镇，南到今天的高雄县冈山镇，1656年的耕地面积达84032摩尔根之多。其它在台湾中部、北部的若干地点，那个时候也已经开拓过了。
郑成功在明永历十五年（1661年）克复台湾。这样一来，荷兰人三十八年间的窃据终告结束，而开始了郑氏祖孙三代二十二年间的台湾经营。郑氏在台湾制定了屯田制度，发给士兵农具，叫他们去开发荒地。不久在现今的台南县、嘉义县、高雄市等地，成立了四十多个屯田区，这种屯田也叫营盘田，今天台南县仍旧保留着新营（最初叫查亩营）、柳营，高雄市也保留着左营等一类地名，就是因为当时设有营盘田的缘故。还有郑氏从荷兰人接收过来的王田，把它改为官田，凡耕佃的人，都是官家的佃户，就是到现在，台南县仍然还保留着官田这个地名。另外，郑氏的宗族和文武百官，招募当地人和佃农开垦土地，而让佃农负担一定的租税，这种田就叫做文武官田，实际这也是台湾私田的开始。当然除此以外，也有平埔族占有的耕地，和从福建一带流寓的农民私垦的土地。例如台南县有个隆田火车站，在十几年前还是叫番子田的。凡是类似这种名称的地方，就都是从前平埔族开垦的地方。
郑氏时代的开拓区域，是以今日的台南市为中心，北到浊水溪南岸，南到高屏溪（下淡水溪）西岸，已经开垦的田园大概有18453甲。其它在台湾中部从彰化县鹿港镇往北到新竹县新竹市的一条狭长的海岸地带，那个时候已经开拓过了。甚至于在台湾北部，基隆、淡水、北投也有移民的足迹。现在台北市北投区的吉利（旧地名：唭里岸）还有一座古庙慈生宫，虽然庙址稍有移动，据传这就是明永历年间所创建的。在荷兰窃据时期的中国大陆移民，就已经有十余万之多，到了郑氏时代，一时又有无数的军民移住到台湾，所以台湾的汉人人口急剧增加，到郑氏时代末期恐怕不下几十万之众。现在台南市前身的承天府，当时已经发展成为一个都市了。在荷兰人窃据时期的台湾，耕地统统叫做王田，而不允许土地的私有。郑氏时代才开始土地私有的前例，就因为土地能够私有了，开垦人有积蓄农业资本的希望，而刺激了他们对生产的意欲，这对后来台湾农业生产的发展有很大的贡献。当时郑氏所采行的官田和营盘田制度，因为是让耕作者集中居住，所以对后来台湾南部聚落的形式发生了决定性的影响。今天台湾南部平原的古老聚落，大多数都是所谓“集村”，这固然是因为南部平原用水不便，而在有水井的地方就民房密集，其实除了这个自然环境的原因之外，多半这是基于官田、营盘田耕作者集中居住的历史原因。反之，台湾北部的村庄大都是七零八落，形成所谓的“散村”。它的原因，就正如后面还要说的，在多山的北部地方到了清代就有一种被称为“大租户”的豪族，抢先设立了广大的开垦区，然后再让很多佃农分散居住各地山野，叫他们在那里从事开垦和耕种。
清康熙二十二年（1683年），郑氏降伏，台湾归清版图，可是当时清廷以台湾容易成为反清复明的基地，因而放弃台湾退守澎湖之议盛行，这时候只有施琅上疏极力反对，清廷采纳了他的建议才决定保留台湾。当时对于福建和广东住民渡海来台的人，加以种种限制，极力防范台湾人口的增加。虽然有限制移民人数，禁止移民携眷、禁止广东移民入台等的政令，可是当时从福建和广东偷渡台湾的移民很多，于是也就不得不缓和禁令了。清雍正十年（1732年），开始许可携眷移民台湾，以后又经过了好几次的政策转变，到了乾隆二十五年（1760年）,最后终于停止了移民限制而正式许可携带家眷，从此人口就急剧增加，各地的开拓也飞跃地进步。清嘉庆十六年（1811年）的调查，当时台湾的户数有241217户，人口有2003861人之多。
由于郑氏一族是出身福建泉州南安的关系，所以当初台湾泉州人占极大的多数，而且居住于肥沃的平原上，大都市里、港口附近，到了归清版图后，福建漳州人和广东的客家，也大批来到了台湾。可是这些后来者，就不得不居住在一些土地条件较差的地带。就因为这种缘故，所以到今天世居台湾的住民，说泉州话的占近一半，其余的是说客家话或者漳州话。世居台湾的住民，其祖籍福建泉州者，大都来自泉州旧府的晋江、同安、南安、惠安、安溪等县，其祖籍福建漳州者大都来自漳州旧府属的龙溪、诏安、平和、漳浦、南靖、长泰、海澄等县。此外还有福建兴化旧府属、汀州旧属各县的移民。其祖籍广东东部客家地区者，大都来自惠州旧府属的海澄、陆丰、归善、博罗、长宁、永安、龙州、河源、和平等县，潮州旧府属的潮阳、揭阳、丰顺、大埔、饶平、惠来、普宁等县。此外还有嘉应州旧府属的镇平、平远、兴宁、长乐等县的移民。
郑氏时代的开拓区域，是以今日的台南市为中心，北到浊水溪的南岸，南到高屏溪的西岸，其它在台湾中部、北部的沿海地带，那个时候也多少已经开拓过了。然而以沃野而闻名的浊水溪北岸平原、台中盆地、下淡水溪（高屏溪）平原等地，都是在乾隆时代大批移民拥到人口增加以后才真正开拓起来的。
今天屏东高屏溪东岸的大平原，是从康熙二十五年（1686年）起，由府城（今天的台南市）的客家住民一手开垦的。那个时候，台湾南部的人口远较北部为多，因此这里的开拓也远较台北方面为快，仅三十年下淡水溪东岸就成了人烟稠密之区，所以今天这地方的住民有四分之一是说客家话，并且也有潮州一类的广东式地名的存在，也残留着潮州人所信仰的韩文公庙宇。
今天彰化县员林镇以南的浊水溪北岸平原，是在乾隆年间由广东的客家开拓完毕的。后来这个地方的客家被鹿港附近的泉州人同化，早就开始使用泉州话了。现在只有从他们祖坟上刻香饶平、海丰等广东省的地名，以及他们对父母的客家式称谓，才能够辨认出这地方住民是客家移民的后裔。同时从他们的祭祀潮洲的地方神三山国王一事，也能够辨别出来这个地方是广东移民所开拓的。今天的台中市一带，开拓也很早，清康熙五十五年（1716年），岸里社土目阿穆垦拓雾捒，到乾隆年间（十八世纪末叶）人烟就很稠密了。
再看台北盆地的情况，清康熙四十九年（1710年），有个泉州人陈赖章得到官府许可，才开垦了这块盆地的中心大加蚋堡，这里正好就在今天的台北市市区内。雍正十一年（1733年），在台北盆地的开户八里坌设郡司营，从此移民渐多，盆地的开垦也就越快。不久又在台北县新荘镇一个叫海山口的地方，设巡检署，于是新荘一时就变成了台北盆地的中心。现在台北市的前身艋舺，从乾隆五十三年（1788年）起很快地发展成商港，到后来就与府城（今天的台南市）、鹿港并称，而被列为清代台湾三大都市之一了。总而言之，台北盆地是在康熙末年以后的一个世纪之间，才完全被开垦起来的，原来住在这里的平埔族，有的被汉族同化了，有的就迁到宜兰县方面去了。十几年前，在今天的台北市北投区圆仔汤岭，仅剩下平埔族的住户几户，这是一个极稀有的例子。旧北投火车站后面的一座村落，从前还是叫番仔厝的，这里到现在仍然珍藏着旧时平埔所崇拜的番仔爷神像一尊。
当泉州人和漳州人开拓上述台北盆地的时候，为了防御平埔族或者山地同胞的袭击，开垦者和地方豪族们，就必须有种种的自卫设施。到处都建立城堡，四周用竹栅或木栅围绕起来。到今天在台北盆地及其周边，还有土城、竹围、木栅、头城、二城、三城、四城、五城、五堵、六堵、七堵、八堵等的地名，道理就是在这。此外在台北市也有鼓亭（日人把它改为古亭）、公馆等地方，这就是指以前这里是放信号用鼓的亭子以及训练壮丁等等的馆舍。清朝当局起初对平埔族和山地同胞并无积极的政策，直到同治十三年（1874年）颁布番地开发计划为止，是禁止汉族和山地同胞往来的。官府又在番地的边界上立石，或者修一道叫做土牛的土墙隔开，对山地同胞采取一种敬而远之的态度。平埔族因为已经相当汉化，表面上似乎并不在此限，然而在台北盆地一带平埔族的村落也有他们田园的边界石，所以到今天台北市北投区还有一个叫石牌的地名。在北投区石牌派出所附近还留存着一块叫石牌的边界石。
宜兰县的兰阳平原，是乾隆末年（十八世纪末叶），由漳州人吴沙聚众开垦的，到嘉庆年间（十九世纪末叶）人烟就很稠密了。吴沙在兰阳平原上到处都建立自卫设施。到今天宜兰县还有头围（现在把它改为头城）、壮围、二结、三结、四结等等的地名，道理就是在这。在宜兰县头城镇城隍庙的旁边，还残留有一座祭祀吴沙的祠堂。南投县的埔里镇、台东县的台东镇附近，在咸丰年间（1850年代）才开始开拓，到了同治十三年（1874年），清朝当局颁布了台湾全土开垦计划，大事奖励番地开发，于是台湾全岛就都被开拓殆尽了。
清乾隆二十五年（1760年），有关禁止与限制移民的政令缓和之后，台湾各地的开拓突飞猛进，这在前面已经说过了。当时，郑氏时代的官田和文武官田，通通被改成民田，耕作者大多数都是自耕农。一直到最近为止，台湾南部的嘉南平原，自耕农的所以多，其道理就在这儿。然而在其它未开垦的地区，是采行一种有官府许可，才可以开垦的制度。通例是由有势力的人抢先向官府申请，获得垦区之后就招募农民，供给他们农具，自卫武器、房舍（田寮）等开始开垦。清康熙二十四年，漳州人林永耀、王锡祺等开垦了今天的台北市北投区的关渡、嗄唠别、唭里岸各地，就是一个例子。还有的时候，是由几个有力量的人联合开垦的。台北市士林区七股这个地方，就是七个人联合开垦的土地。所谓七股，就是七个人合股经营的意思。此外，在台北县也有一个五股乡的地名。其它由一家族或者一个人从事开垦的情形，虽然并不多见，也不能说绝对没有。
在上述的第一种情形和第二种情形里，申请开垦的有势力者叫做垦户，实际从事开垦的农民叫佃户。然而在完成广大土地开垦的时候，普通佃户都是以经营者的身份再把土地转租出去，这时候小佃户就要向大佃户缴纳叫小租的佃租，大佃户也要向垦户缴纳大租的佃租，它的性质很类似地租、租税。因而一般人就把垦户叫大租户，把大佃户叫小租户。在官府力量薄弱的新开垦地区，大租户通常拥有私兵，以豪族的姿态维持地方治安。而且因为他们是小租户生命、财产的保证者，所以他们向小租户征税，在当时的观念乃是当然的事情。一方面，因为大租户是得官府的许可而开垦的土地负责人，所以向政府缴纳地租就由大租户负担，这叫做正供，假如这土地是和平埔族地主协商而开垦的时候，大租户更有向这地主缴纳叫做“番大租”的义务，这种番大租也是一种地租。如上的土地制度叫做大租户开垦制度，是台湾北部、中部特有的制度。
在明清朝代台湾新开发地区，移民们所有的问题都得靠彼此救助合作的力量来解决，因而在移民之间救助合作之风颇为盛行。斋教是佛教临济宗旁出的一派，就是所谓“在家佛教”，教义与佛教没有什么差别。荷兰人盗据台湾其间，斋都之金幢派很有势力，斋友结盟哥弟，以四海皆兄弟为宗旨，展开了救助合作的活动。天地会，也叫洪门，这是郑氏时代创立的秘密结社，以反清复明为宗旨，但是也带有守望相助性质的。清人入台以后，移民就急剧增加，民间互助合作的组织和各式各样的结社也更见发达，其中有的也可以说近乎是秘密结社，但是都是带有守望相助性质的“共同社会”。宗教性的结社有神明会、祖公会、祭祀公业、共祭会等，因为这些结社常常资助村落里的公益事业，所以仍然可以说是一种带有互助合作性质的结社。在经济性的结社方面有父母会、孝子会等，都以经济上的互助为其基本任务。在移民们互助合作而奋斗努力之下，到了清代末期台湾全岛就很完整被开拓殆尽了。
至于移民的家庭、宗族、会馆、行会等等之共同社会，当然也都是属于互助合作的组织。
中国传统的大家族主义极端重视血统，如果自己没有儿子，就必须把兄弟、同族的儿子过继一个，而绝对没有收养异姓人家儿子的。可是在台湾，直到清雍正年间还是禁止移民携带家眷，因而移民们只好收养异姓子女，靠着这个来达成家庭劳动力的增加。这种情形后来就成了习惯，在台湾即使是自己有很多子女，也还是有收养异姓子女养女的，这种风俗时至今日仍旧没有绝迹。不必说，这当然和传统的血统主义多少有些违背之处，但是要就确保垦荒时期的劳动力一点来说，同时再就流浪异乡移民之间的互相扶助一点来说，也有抛开血缘观念而互相结合构成种“拟制家族”的必要。
在福建和广东，到清末时候血缘村落还占多数，普通都是一村只有一姓而已，村落的地缘社会和血缘社会几乎完全一致。可是在台湾情形就略有不同，除台中市、云林县等中部基干县市外，一村一姓的村落较少，尤其是晚期开发的北部和东部村落，大都是一村多姓的时候多。像这样一村多姓的村落，例如祖籍福建省安溪县的啦，祖籍广东省陆丰县的啦，因为这都是由同乡所构成的乡党主义的村落，所以他们的住民们当然都是异姓。这种村落既然不是血缘村落，那毫无疑问的就是地缘村落。在福建和广东的血缘村落里，是以祭祀祖先灵魂的祠堂为村落互助和自治的中心。在台湾的地缘村落中，较少有含有血缘意义的祠堂，普通是以含有地缘意义祭祀乡土神的寺庙为村落互助和自治的中心。比方说，泉州人村落供奉保生大帝、保仪大夫、广泽尊王，泉属安溪人村落供奉清水祖师，漳州人村落供奉开漳圣王，客家村落供奉三山国王等都是实例。
清代台湾主要都市的府城（今天的台南市）、鹿港、竹堑（今天的新竹市）、艋舺（今天台北市的一部分），都有一种叫内郊和外郊等乡党主义的商人行会。这种商人行会，也就是都市里祖籍相同移民之间互助合作的结社，同时又是自治、自卫的中心。清雍正三年（1725年）所成立的府城三郊，就是由北郊、南郊、港郊三行会联合起来的庞大组织，不仅是掌握了当时台湾全岛的商权，而且协助行政当局维持冬防期间的治安，同时又担任保甲的组织，事实上是成了府城的一个市政机关，进行着互助和自治的活动。居住于澎湖的移民们，最初以军人为多数，他们在妈宫（今天的马公镇）设立的提标馆、海山馆、铜山馆等会馆，也都是祖籍相同军人之间互助合作的结社。由此观之，清代移民们在台湾建设的村落、行会、会馆，都是名符其实的乡党主义，它们的互助、自治的组织和机能也很发达，而且内部的团结也非常坚固，因而相对的，对外排他气氛浓厚，特别是住民祖籍不同的村落、都市间，时常闹着大规模的分类械斗。
大陆沿海住民的移殖台湾，大部分都是福建、广东两省的人民。跟随他们移殖台湾的，也就是中国大陆的风俗习惯。《台湾府志》云：“台湾僻在海外，旷野平原，明末，闽人即视为瓯脱。自郑氏挈内地数万人以来，迄今闽之漳泉，粤之惠潮，相携负耒，率参错寄居，故风尚略同内部”。《东瀛识略》云：“台民皆徙自闽之漳州、泉州、粤之潮州、嘉应州，其起居服食，祀祭婚丧，悉本土风，与内地无甚差异”。台湾历经荷兰、日本的窃据，先后近达一世纪之久，而大陆移民，在这一时期，身受异族惨痛的统治，因而激发其民族意识，保持其祖国、故乡的文化。所以到今天台湾世居住民的日常生活习惯及其心理现象，仍旧保持着祖籍风俗习惯的传统。