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初设府治

元代进一步加强了对台湾的管理。公元1292年（至元二十九年），元世祖忽必烈派海船副万户杨祥、礼部员外郎吴志斗和兵部员外郎阮监到台湾"宣抚"。公元1335年（后至元一年），元朝正式在澎湖设"巡检司"，管辖澎湖、台湾民政，隶属福建泉州同安县（今厦门）。中国在台澎设立专门政权机构，自此开始　。
明朝以后，大陆与台湾的人民往来不绝。公元1402－1424年（明成祖永乐年间），航海家"三宝太监"郑和率领庞大的舰队访问南洋各国，曾在台湾停留，给当地居民带去工艺品和农产品。至今民间传说高雄凤山的特产"三宝姜"，就是郑和遗留下来的。15世纪以后，倭寇不断骚扰中国东南沿海地区，明朝政府乃在澎湖增设"游击"，"春秋汛守"；同时在基隆、淡水二港驻屯军队。
到17世纪20年代的明朝末叶，大陆居民开始大规模移居台湾，给台湾的社会经济和文化的发展以极大的推动。其时，福建人颜思齐、郑芝龙为抗拒官府欺压，率领闽粤居民迁居台湾，一面从事农耕、贸易，一面组织武装力量抗御倭寇和荷兰人的侵扰。公元1628年（明崇祯元年），郑芝龙接受明政府招抚，负责沿海治安，后官至都督同知。时值福建大旱，百姓无以为生，郑芝龙组织灾民数万到台湾，"使垦荒食力"，各地逐渐形成了许多村落。台湾自此进入了大规模的开发时期。